Na década de 1960, a área territorial do município foi alterada pelo corte da Rodovia Presidente Kennedy – BR 386 (Estrada da Produção), a qual atualmente denomina-se Rodovia Leonel de Moura Brizola (Projeto de Lei de iniciativa do Deputado Federal Enio Bacci, aprovado em dezembro de 2007), que, sem dúvida, modificou o cenário econômico rio-grandense. Os limites territoriais fontourenses confrontam-se:

Ao Norte: com os municípios de Soledade e Arvorezinha;
Ao Sul: com os municípios de Progresso e Pouso Novo;
Ao Leste: com os municípios de Putinga e São José do Herval;
Ao Oeste: com o município de Barros Cassal;

Quanto à vegetação, ao norte e oeste predominam as pastagens nativas com manchas de capoeira em descanso. Ao sul, predominam as antigas matas nativas, especialmente as araucárias, que vão cedendo espaço para áreas de plantio de fumo, milho e feijão.

Percebem-se em algumas áreas o reflorestamento e o plantio de acácia, eucalipto e erva-mate (extrativismo vegetal). Resistem ainda, ao longo dos barrancos, os capões de Guamirim, planta nativa local, que deu origem ao nome popular do município.

A paisagem é caracterizada por ter um relevo de topografia acidentada, o que limita a sua expansão, ficando o solo constantemente exposto a riscos de degradação pelo processo decorrente da erosão.

O solo apresenta-se, em boa parte, pedregoso, raso e acidentado, sendo considerado de acidez elevada segundo os padrões de fertilidade, devido à presença de alumínio. A erosão é moderada e ocorre nos relevos ondulados, passível de ser controlada através de práticas de correção e conservação do solo. Há presença de grutas e cavernas. Nas pedreiras é praticado o extrativismo mineral, atualmente em menor escala, pois essa atividade foi bem mais intensa antigamente.

Quanto à distribuição das águas, pode-se afirmar que o município possui uma grande malha hidrográfica, formada por vários rios e riachos, os quais, em alguns trechos, apresentam cascatas e cachoeiras comuns nos rios de planalto, usadas para gerar energia elétrica através das usinas hidrelétricas, como é o caso da usina do Rio Fão. Destacam-se no município os rios Fão, Forqueta, Pedras Brancas e Galvão, e os arroios Tatim, Dudulha, Penteado, Guabiroba, Formigueiro, Quevedo, São Miguel, Tigela, Pessegueiro e o Arroio Assis, maioria destes, afluentes do Rio Fão e do Forqueta, tributários da Bacia Hidrográfica do Taquari.

O clima predominante é o subtropical úmido, segundo a classificação de Köeppen. A temperatura oscila e pode variar de -4ºC a 38ºC, de acordo com a estação do ano. Registra-se uma temperatura média anual de 17º C. Ocasionalmente, há registros de granizos, de geadas, bem como há ocorrência de neve nos meses de inverno. Há formação de neblina no decorrer de boa parte do ano, especialmente à noite no trecho de Vila Assis até a balança (posto de pesagem desativado). Em geral, as chuvas são bem distribuídas durante todo o ano, mas, excepcionalmente, já ocorreram longos períodos de estiagem e seca, chegando a ser declarada situação de calamidade pública.